На 12.06.1899 в Русе е подписано споразумение за издаване на в-к "Земеделска защита" на мястото на вестниците "Земеделец" и "Винарско-земеделски вестник", с редактор Янко Забунов.
Първият брой излиза на 6 септември. На 14.12.1899 г. Забунов напуска държавната служба и се отдава изцяло на зараждащото се земеделско движение, финансирано предимно с лични негови заеми.
Учредителният конгрес на БЗНС се провежда на 28—30 декември 1899 г. в Плевен., а негов лидер става Янко Забунов.
През следващите месеци продължават дискусиите за това, дали съюзът да запази професионалния си характер или да се преобразува в политическа партия, за което настоява групата около Димитър Драгиев.
Първоначално организацията има професионално-просветителски характер и си поставя за задача борбата против навлизането на спекулативен капитал в селското стопанство, подобряване икономическото положение на селяните и други.
Засилващите се социални проблеми в българското общество в края на XIX и нач. на XX в. оказват силно влияние върху идейния облик на БЗНС. Негови привърженици участват в селските вълнения и бунтове през 1900 г., а самата организация се включва в парламентарните избори за Народно събрание през 1901 г.
Свиканият през с. г. Трети конгрес обявява съюза за политическа организация.
От 1904 г. ръководна роля в БЗНС играе Александър Стамболийски. който се утвърждава като негов идеолог и водач. Той разработва и първата му програма в духа на аграризма и съсловния принцип, които придават на БЗНС облик на селска съсловна политическа организация.